Når man går på Marstal Navigationskole er der flere muligheder for at finde et sted at bo. Man kan vælge et af de 8 kollegier, eller man kan vælge at købe eller leje et hus i byen. En del studerende har også boet i deres egne både i Marstal havn.

Hvis man først lige vil gennemse mulighederne kan man vælge at flytte ind på vandrerhjemmet Femmasteren (tlf +45 53 60 48 21) eller benytte Marstal Camping (tlf +45 51 52 44 85).